El FICIQQ se funda en 2009 bajo el nombre de Festival Internacional de Cine Independiente de Iquique, con sede en el Teatro del Sindicato de Estibadores de la ciudad. Desde sus inicios ha tenido como objetivo la creación de audiencias, presentando películas que no llegan a la cartelera local. Desde 2013, pasa a llamarse Festival Internacional de Cine de Iquique, creando competencia de largometrajes y aumentando la cantidad de salas y películas exhibidas.
El evento se ha convertido en un espacio para la cinefilia regional y para el público en general. En un principio, su realización en verano, le permitió ser un resumen de lo mejor que ha pasado en los festivales nacionales durante el año anterior, permitiendo además, presentar una gran variedad de películas que sólo han sido exhibidas en festivales nacionales de trayectoria reconocida. Además, tiene convenios de itinerancia con ciudades y pueblos de la región, aumentando la cantidad de público objetivo.
Desde el año 2017, el FICIQQ organiza la competencia de Cine desde los Extremos, enfocada a películas realizadas en zonas extremas alejadas de los grandes centros culturales. Ese mismo año, crea una alianza con el Festival de Cine de las Alturas, en Argentina, permitiendo el estreno en Argentina de películas que han tenido poca circulación más allá del país.
Para su décimo aniversario, y por problemas de financiamiento, FICIQQ cambió la fecha del festival a finales de noviembre, para seguir manteniendo la estrategia programática de presentar un resumen con lo mejor del circuito de festivales a lo largo del año. El festival consolida su competencia de largometraje internacional Cine de los Extremos. En 2019, incluye, además, una muestra que contextualiza el estallido social de Octubre de ese año, con películas que recorren la historia de la desigualdad social en Chile a lo largo de su historia.
En 2020 el festival se realizó de manera online, incluyendo competencias de largometraje internacional, cine de los extremos, competencia de largometraje nacional, cortometraje internacional y cortometraje regional, para realizadores del extremo norte del país. Además, se reabrió la convocatoria a Iquique Lab en un nuevo formato, y se creó una escuela de formación de audiencias llamada Escuela FICIQQ.
FICIQQ forma parte de la Red de Festivales y Muestras de Cine de Chile y los Pueblos Originarios (REDFECI).
(Actualización diciembre 2022)